2 sierpnia 1932 r. Ordynariusz Tarnowski - ks. bp Edward Komar poświęcił nowy dom sióstr Służebniczek przy ul. Krakowskiej i kościół klasztorny pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny. Kościół ten był miejscem modlitwy sióstr a także mieszkańców miasta.

Kiedy 24 sierpnia 1954 r. władze komunistyczne zabrały siostrom klasztor przy ul. Krakowskiej, rektorem kościoła klasztornego został mianowany ks. Teofil Dec - ówczesny kapelan domu macierzystego sióstr.

31 lipca 1954 r. w kościele tym umieszczono obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy i zaprowadzono nowennę. Ze względu na dużą ilość przybywających na modlitwę wiernych od 6 lutego 1955 r. została wprowadzona w niedzielę i święta trzecia Msza św.

Od 1970 r. ks. Edward Limanówka podjął starania o erekcję parafii przy kościele klasztornym. W związku z rozwijającym się duszpasterstwem siostry udostępniły do użytku podziemie kościoła.

1 sierpnia 1973 r. dekretem ks. bpa Jerzego Ablewicza - ówczesnego Pasterza Diecezji Tarnowskiej erygowano przy kościele klasztornym nową parafię w Dębicy.

Do 1978 r. w kościele odbywały się obłóczyny nowicjuszek i śluby zakonne sióstr.

W 1982 r. przeprowadzono remont wnętrza i w prezbiterium umieszczono figurę Matki Bożej Anielskiej (przeniesioną z kaplicy na Wolicy-Kopalinach). Natomiast figura Niepokalanej sprowadzona przez hrabiostwo Raczyńskich z Tyrolu, która dotąd znajdowała się w prezbiterium, została przeniesiona do kaplicy domu generalnego sióstr przy ul. Edmunda Bojanowskiego 10.

W 1996 r., po konsekracji kościoła pw. Ducha Świętego, rozpoczęto remont kościoła pw. Niepokalanego Poczęcia NMP. 3 maja 1998 r. kościół został ponownie oddany do użytkowania siostrom.

Od 6 października 2003 r., z inicjatywy ks. bpa Wiktora Skworca, w kościele klasztornym została wprowadzona całodzienna adoracja Najświętszego Sakramentu.